Dalam pembinaan terhadap karyawan koperasi tentang sistem informasi akuntansi terdapat dua factor penghambat yaitu :
1. Faktor Penghambat Utama
Faktor penghambat utama dalam pembinaan antara lain : 1) Kurang tersedianya waktu bagi karyawan karena tidak ada yang menangani pekerjaan sehari-hari, sehingga waktu yang dibutuhkan relatif sedikit, 2) Sumber daya manusia yang masih memerlukan pemahaman akuntansi baik secara manual atau komputerisasi 3) Pencatatan akuntansi sebelumnya masih banyak yang harus diperbaiki baik dari formulir / dokumen serta prosedur lain yang berkaitan dengan keuangan 4) Pengarsipan data yang kurang rapi.
2. Faktor Penghambat Yang lain
Untuk melakukan perubahan sistem baru maka sangat diperlukan sarana dan prasarana koperasi, misalnya tidak adanya komputer di koperasi, kantor yang kurang memadai karena kantor koperasi dijadikan satu dengan gudang barang (persediaan barang), adanya perangkapan tugas, sehingga kurang konsentrasi ketika adanya pembinaan misalnya, bagian akuntansi merangkap sebagai bagian pembelian bahan leveransir, manajer merangkap sebagai bagian simpan pinjam.